C-hepatiittivirusta on montaa eri muotoa, joita kutsutaan genotyypeiksi.

Viruksesta tunnetaan 8 eri genotyyppiä, joilla on lisäksi alatyyppejä.  Jotkut genotyypit ovat yleisempiä kuin toiset joissakin osissa maailmaa. Suomessa genotyyppi 3 on yleisin, kun taas maailmalla yleisin tyyppi on 1.

Jos sinulla on C-hepatiitti, voit silti saada uuden tartunnan eri genotyypistä. Silloin puhutaan päällekkäistartunnasta. Käytännössä tämä tarkoittaa sitä, että vaikka sinulla on jo C-hepatiitti, voit saada uuden tartunnan. Uusi tartunta voi olla vaikeampihoitoinen ja maksaa pahemmin vaurioittava kuin vanha.

Montaa eri C-hepatiittivirusta kantavan ihmisen hoito voi olla pidempikestoinen ja hankalampi. Tästäkin syystä tartunnan saaneen kannattaa suojautua uusilta tartunnoilta.

Virusgenotyypillä voi olla vaikutusta lääkehoidon valintaan. Genotyyppi selvitetään yleensä ennen hoidon aloittamista.