C-hepatiitin hoitoon pääsyä on helpotettu, eikä ehdottomana vaatimuksena ole enää päihteettömyys. Kun veressä on todettu C-hepatiitin vasta-aineita (verikoe HCVAb positiivinen), tutkitaan, onko virus vielä aktiivinen (ns.nukleiinihappo- tai PCR-testi eli verikoe HCVNh0 positiivinen). Lähete nukleiinihappotestiin tehdään terveysasemalta. Jos se on positiivinen, tehdään C-hepatiitin tarkempi hoitoarvio, johon voi kuulua esimerkiksi lisää verikokeita ja maksan ultraäänitutkimus. Lisätutkimusten perusteella arvioidaan hoidon kiireellisyys ja hoitopaikka.

C-hepatiitin hoito toteutetaan nykyään pääsääntöisesti erikoissairaanhoidon poliklinikoilla. Tilanne on lähivuosina muuttumassa niin, että jatkossa hoitoja voidaan todennäköisesti toteuttaa esimerkiksi päihdeklinikoilla, perusterveydenhuollossa ja vankiloissa.

Lähes kaikki saivat interferonihoidosta sivuvaikutuksia, joiden ilmiasu ja vaikeus vaihtelivat paljon. Nykyään hoidossa käytettävien uusien C-hepatiittilääkkeiden tavallisia sivuvaikutuksia ovat tilapäinen päänsärky ja väsymys, joiden takia hoitoa ei tarvitse keskeyttää. Joskus myös maksa-arvot saattavat hoidon alussa kohota, mitä seurataan verikokeilla. Jos hoidon alettua tulee selittämätöntä heikotusta, ruokahaluttomuutta, pahoinvointia ja oksentelua, keltaisuutta tai ulosteiden värimuutoksia, näistä täytyy kertoa hoitohenkilökunnalle. Pääsääntöisesti merkittäviä sivuvaikutuksia ei uusista tablettilääkkeistä tule. Lääkitys otetaan kerran päivässä. Hoito kestää uusia lääkkeitä käytettäessä yleensä 12 viikkoa, jona aikana vointia seurataan verikokeilla ja tarvittaessa vastaanottokäynneillä.